Quá trình xâm lược và cai trị của chủ nghĩa thực dân ở Đông Nam Á là một giai đoạn quan trọng trong lịch sử khu vực, thể hiện sự can thiệp mạnh mẽ từ bên ngoài lên nền kinh tế, chính trị, xã hội và văn hóa bản địa. Từ cuối thế kỷ XV, cùng với những chuyến thám hiểm hàng hải và cuộc phát kiến địa lý, các nước châu Âu như Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh, Pháp đã từng bước đặt chân đến Đông Nam Á. Ban đầu, mục đích chủ yếu của họ là tìm kiếm thị trường, nguồn nguyên liệu, hương liệu quý hiếm, đồng thời thiết lập các trạm buôn bán, trung chuyển hàng hóa. Tuy nhiên, dưới sự thúc đẩy của chủ nghĩa tư bản công nghiệp vào thế kỷ XIX, mục tiêu chiếm đoạt, thống trị và biến các nước Đông Nam Á thành thuộc địa, nửa thuộc địa đã trở nên rõ ràng, thay thế cho quan hệ giao thương có phần ôn hòa trước đó.
Ban đầu, sự xâm nhập của chủ nghĩa thực dân thường thông qua hoạt động thương mại. Các công ty độc quyền như Công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC), Công ty Đông Ấn Anh đã thiết lập các cơ sở buôn bán, thương điếm ven biển, mua bán gia vị, lụa, gốm sứ, đồ thủ công, đồng thời tìm cách kiểm soát tuyến đường biển, can thiệp vào các quan hệ chính trị nội bộ. Cơ cấu chính trị phân tán, cát cứ, các cuộc xung đột nội bộ giữa các vương quốc và tiểu quốc Đông Nam Á đã tạo điều kiện để các thế lực châu Âu can dự sâu hơn, chọn phe phái ủng hộ, cung cấp vũ khí nhằm thao túng chính trị. Khi sức mạnh kinh tế và quân sự của các thực dân châu Âu tăng lên, đặc biệt sau Cách mạng Công nghiệp, các nước phương Tây đã sử dụng ưu thế hỏa lực, tàu chiến, súng trường hiện đại để ép buộc triều đình bản xứ ký kết các hiệp ước bất bình đẳng, mở cửa cảng biển, cho phép đặt tô giới, nhượng đất, cuối cùng tiến tới chiếm đóng toàn bộ hay một phần lãnh thổ, biến các quốc gia Đông Nam Á thành thuộc địa.
Mỗi cường quốc thực dân có cách thức xâm lược và cai trị khác nhau, phụ thuộc vào điều kiện địa lý, truyền thống chính trị, xã hội của vùng mà họ chiếm đóng. Người Hà Lan tập trung vào Indonesia (khi đó gọi là quần đảo Đông Ấn), thiết lập mô hình cai trị trực tiếp, kiểm soát chặt chẽ nông nghiệp để bóc lột tài nguyên, đặc biệt là gia vị, cà phê, cao su, dầu mỏ. Hà Lan xây dựng cơ chế "trồng trọt bắt buộc" để ép nông dân bản xứ cung cấp sản phẩm nông nghiệp cho chính quyền thuộc địa. Anh chiếm đóng Malaysia, Miến Điện (Myanmar), Singapore, Brunei, áp dụng chính sách thực dân kinh tế, đầu tư khai thác thiếc, cao su, lập các đồn điền, công ty độc quyền, đồng thời sử dụng mô hình "gián tiếp" thông qua tầng lớp quan lại địa phương để giảm chi phí quản lý. Pháp xâm lược Đông Dương (Việt Nam, Lào, Campuchia), áp đặt chế độ thuộc địa toàn diện, thực hiện chính sách kinh tế khai thác tài nguyên khoáng sản, nông sản, lập đồn điền cao su, cà phê, chè; đồng thời triệt để sử dụng hệ thống quan lại, công chức tay sai người bản xứ để vơ vét tài nguyên, nhân công. Tây Ban Nha, sau đó là Mỹ, lần lượt chiếm đóng Philippines, biến quần đảo này thành cầu nối thương mại giữa châu Á và châu Mỹ, thiết lập bộ máy cai trị nặng nề, truyền bá Thiên chúa giáo, áp đặt luật lệ và văn hóa phương Tây. Bồ Đào Nha suy yếu dần, chỉ còn giữ được Đông Timor cho tới cuối thế kỷ XX.
Chính quyền thực dân áp đặt các chính sách hành chính, phân chia lại ranh giới lãnh thổ, bãi bỏ hoặc biến dạng các cơ cấu quyền lực truyền thống, đưa ra hệ thống luật pháp dựa trên quan niệm châu Âu, sử dụng ngôn ngữ của mẫu quốc. Trong lĩnh vực kinh tế, họ thúc đẩy sản xuất nông nghiệp tập trung vào cây công nghiệp, khai thác khoáng sản, tài nguyên thiên nhiên để phục vụ công nghiệp tại châu Âu. Phân hóa xã hội càng trở nên sâu sắc khi có sự phân tầng theo lợi ích gắn với kinh tế thuộc địa. Thương nhân, địa chủ, công chức tay sai người bản xứ được nâng đỡ để cộng tác với chính quyền thuộc địa, trong khi đa số nông dân, thợ thủ công, người lao động phải gánh chịu ách bóc lột nặng nề. Kết cấu kinh tế truyền thống bị phá vỡ, nền tự cung tự cấp suy giảm, hàng loạt nông sản, tài nguyên quý hiếm chảy về châu Âu với giá rẻ mạt, làm giàu cho tư bản phương Tây.
Về mặt văn hóa - xã hội, chủ nghĩa thực dân cố gắng "văn minh hóa" theo kiểu châu Âu. Họ du nhập hệ thống giáo dục hiện đại bằng tiếng Anh, Pháp, Hà Lan, Tây Ban Nha; truyền bá tôn giáo Thiên Chúa, Tin Lành, mở trường học, đào tạo lớp người bản xứ có học thức nhưng dưới lăng kính thực dân. Tuy nhiên, quá trình này cũng tạo điều kiện cho sự ra đời của tầng lớp trí thức mới, từng bước nhận ra bản chất bóc lột của chủ nghĩa thực dân, kế thừa và kết hợp các tư tưởng tiến bộ thế giới, thúc đẩy phong trào dân tộc, hướng đến độc lập. Sự du nhập các yếu tố kinh tế, văn hóa phương Tây không đồng nghĩa với sự thịnh vượng của bản xứ, bởi tài nguyên và lao động chủ yếu phục vụ lợi ích mẫu quốc. Song, tiếp xúc với ý niệm tự do, bình đẳng, luật pháp hiện đại, cùng tinh thần dân tộc đang trỗi dậy đã gây tác động hai mặt: vừa củng cố bộ máy cai trị thực dân, vừa ươm mầm cho các phong trào chống thực dân, kháng chiến, dẫn đến sự hình thành ý thức dân tộc, mong muốn xây dựng nhà nước độc lập.
Có thể nói, quá trình xâm lược và cai trị của chủ nghĩa thực dân ở Đông Nam Á đã biến khu vực này trở thành một mắt xích trong hệ thống thuộc địa toàn cầu, đưa nền kinh tế khu vực vào quỹ đạo tư bản chủ nghĩa quốc tế. Tuy nhiên, chính sự áp bức, bóc lột đó đã khiến người dân Đông Nam Á ngày càng khao khát tự do, độc lập. Các phong trào chống thực dân diễn ra liên tiếp từ cuối thế kỷ XIX đến giữa thế kỷ XX, sôi sục khắp vùng, từ Miến Điện, Việt Nam, Indonesia, Philippines, Malaysia cho đến Campuchia, Lào. Cuộc đấu tranh này kéo dài hàng chục năm, với nhiều phương thức khác nhau, cuối cùng dẫn đến sự tan rã của chủ nghĩa thực dân sau Chiến tranh thế giới thứ hai. Đông Nam Á bước sang thời kỳ mới với sự ra đời của các quốc gia độc lập, xác lập chủ quyền dân tộc, và thoát khỏi ách thống trị thực dân. Quá trình xâm lược và cai trị của chủ nghĩa thực dân đã để lại dấu ấn sâu đậm trong lịch sử khu vực, là bài học kinh nghiệm quan trọng về tinh thần đấu tranh, ý chí tự cường, sự đoàn kết và khả năng thích ứng của các dân tộc Đông Nam Á trước thử thách khắc nghiệt.
